200年前，次元空间降临，各种奇异的妖怪奔涌而出，人类岌岌可危，称为灾厄元年。 灾厄5年，由陈木博士发表论文，解决危难的方法同样在次元之中。 各地精英组织队伍，冒险潜入次元，发现次元空间的妖怪，温顺，平和，于是，成功收服妖怪为已用。 然而，只有在次元空间才能收服妖怪，出现在次元外的妖怪，充满暴虐和攻击性，没有任何理智可言。 次年，次元球问世，可将妖怪收入口袋大小的球内，同时为区分两者，口袋妖怪，成为收服妖怪的正式名称。 开启了两者一百多年的对抗。 到灾厄120年，随着世界上各个基地的建立，人类又重新站稳了脚跟。 同年改灾厄元年为精灵元年，人类手中的妖怪也被称为宠物精灵，野外妖怪为黑化精灵。 精灵180年，为更好对抗黑化精灵，宠物精灵不在单单成为上层的垄断资源，开始向下层普及。 精灵195年，青炎基地的一个十四岁少年，觉醒了另外一个时间线上自己的记忆。

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